La resistencia incaica a la conquista española y las rebeliones en el período virreinal del Perú se produjeron desde la captura del inca Atahualpa en la emboscada de Cajamarca, el 16 de noviembre de 1532, y que llevó a la conquista del Tahuantinsuyo por parte de Francisco Pizarro. Los sucesores de los incas trataron en varias ocasiones de retomar el control original del Imperio. Unos intentos ocurrieron inmediatamente; otros, más tarde, en los siglos XVII y XVIII.
La guerra de la resistencia incaica la encabezó Manco Inca en 1536, quien puso sitio al Cuzco y tomó la fortaleza de Sacsayhuaman, consiguiendo exterminar a importantes partidas de soldados españoles. Uno de sus lugartenientes, Titu Yupanqui, sitió a la recién fundada ciudad de Lima, en la costa. Los españoles resistieron tanto en Lima como en el Cuzco, con el apoyo de miles de aliados de los curacazgos cañaris, chachapoyas y huancas. Sin embargo, debido a la amenaza de la hambruna, Manco Inca se vio obligado a licenciar a sus fuerzas y se refugió en las selvas de Vilcabamba, con el propósito de renovar la rebelión.
Uno de los hechos que demuestra la supervivencia y la resistencia incaica fue el nombre asignado a la Ciudad de Huamanga, que fue fundada como «San Juan de la Frontera»; como frontera entre el territorio controlado por España (y sus aliados) y el territorio controlado por el Imperio de los Incas. Durante algún tiempo Manco Inca se consagró a enviar a sus tropas a incursionar en los poblados fundados por los españoles, hasta que resultó asesinado hacia 1542, a manos de unos almagristas a los que había dado refugio. Sus sucesores, llamados incas de Vilcabamba, mantuvieron la resistencia; finalizando oficialmente la guerra con el Imperio español mediante el Tratado de Acobamba en 1566 y aprobado por el rey Felipe II de España en 1569. Sin embargo, en 1570 la guerra se reinició cuando el último Inca de Vilcabamba, Túpac Amaru I, fue capturado y llevado al Cuzco, donde fue ejecutado en 1572. Finalizando la guerra de resistencia inca, que pues duró 40 años, después de iniciado el proceso de la conquista española del Tahuantinsuyo.